游戏开始
选择角色性别后，你会出现在一辆卡车上。下车进入新家，妈妈让你上楼整理房间，房间里的电子钟可以调整时间。
下楼后，妈妈会让你去拜访父亲的朋友小田卷博士。博士不在研究室楼上，调查一个精灵球后，你的对手会出现。交谈后离开房子，出门会发现博士正在被一只蛇纹熊追捕。博士请你在旁边的背包中挑选一只精灵参与战斗，驱赶蛇纹熊。
和博士一起返回研究室，他会送给你火稚鸡（也可以选择木守宫或水跃鱼），之后他会让你帮忙寻找他的女儿。
前期探索与挑战
古辰镇与 103 号道路：穿过 101 号道路到达古辰镇，古辰镇上方是 103 号道路，在这里能遇见女主角，战胜对手后，回到未白镇的研究室，博士会给你图鉴，对手也会赠送你五个精灵球。
橙华市与橙华森林：来到橙华市，先去上方的训练馆，这里的馆主是你的父亲。对话过程中会出现小光，帮他捕捉完拉鲁拉丝后，父亲告诉你收集到四枚徽章后再回来挑战。从橙华市出发，经过 104 号道路进入橙华森林，在森林中会遇到得文公司的员工被水舰队的士兵阻挡，击败士兵后获得一个超级球。
卡那兹市：走出森林后到达卡那兹市，在 PC 中心旁边的房屋可以拿到 HM01 一字斩。然后去挑战道馆，馆主杜鹃是岩属性，建议用火系精灵将等级提升到 16 级左右再挑战，使用 2 连踢等技能比较有效。离开道馆后，会遇到之前的员工和士兵。完成相关事件后，前往卡绿隧道，洞口有一位老人说他的长翅鸥被水舰队的人夺走了，进入隧道击败士兵，把长翅鸥归还给老人，就可以回到卡那兹市。之后会被带到得文公司，上司会给你一个导航机，并要求你给位于武斗镇、名叫大吾的人传递一封信。
武斗镇之旅
回到橙华森林下方的空置房屋，与先前的老人交谈，他会将你送到武斗镇。一到武斗镇就可以得到钓竿，接着挑战道馆。这里的道馆最初只有一部分可视区域，随着击败道馆内的训练师，可视区域逐渐扩大。馆主藤树是格斗属性，建议去捉一只勾魂眼来对战。完成挑战后向西北方向走，有一个山洞，进去和矿工对话可以获得秘传机 05 闪光。深入洞穴（需要使用闪光）会遇到大吾，将信交给他后会得到招式机 47 钢翼。如果回到得文公司找老板，还可以得到学习装置。
凯那市与后续剧情
再次找到送你去武斗镇的老人，他会将你带到凯那市。刚到凯那市，会发现水族馆门口有许多水舰队的人。在下方的造船厂二楼与一位老人交谈后，就可以进入水族馆。在二楼击败两名士兵后即可离开凯那市。在 110 号道路上会遇到对手，击败他后可以获得探宝仪。继续前进到达紫堇市。
紫堇市及周边探索
挑战道馆：在训练馆门前会遇到小光，与他对战后才能进入训练馆。馆主铁旋是电属性，这里可以练一只小拳石，利用地震技能，或者用沼跃鱼的泥浆喷射来应对。
获取自行车与其他道具：在精灵中心右边的房子里可以获得一辆自行车，有快速自行车和跳跃自行车两种，可在以后随时更换。在右下角的房子里可以获得秘传机 06 碎岩。
前往其他区域：向左走是 117 号道路，这里有饲养屋，可以把精灵放在其中繁殖。继续前进可以到达绿荫镇，绿荫镇上方有一条隧道，用碎岩技能清除路上的岩石后可以获得秘传机 04 怪力。
秋叶镇、流星瀑布与釜炎镇
回到紫堇市，向右走有一个小沙滩，点击沙滩上的岩石可以找到物品。向上走到 111 号道路，这里有竞速塔，上方是沙漠地带，目前还不能进入。向左走，在 112 号道路有一条火之捷径，走过后可以直接穿过沙漠地带，继续前进到达秋叶镇。
秋叶镇的左侧是 114 号道路，继续前进会到达流星瀑布。在流星瀑布内部会遇到水舰队和火岩队的人，他们在争夺一块化石。之后回到 112 号道路，乘坐缆车到达凹凸山的山顶。击败火岩队的领袖后可以得到化石，然后回秋叶镇将化石交给之前在流星瀑布的研究员。下山后可来到釜炎镇，挑战道馆主亚莎，她是火属性，推荐捉一只玛力露来打。
橙华市训练馆挑战与后续
收集到四枚徽章后，回到橙华市，向父亲发出挑战。馆主千里是普通属性，这里可以靠等级压制，或者使用勾魂眼等精灵。打败父亲后，小光的爸爸会出现，并送你秘传机 03 冲浪。
后期剧情与挑战
118 号道路与气象台：获得 5 枚徽章后，经过卡绿隧道再次来到紫堇市，在右边使用冲浪来到 118 号道路，在这里会遇到大吾。往上走是 119 号道路，这里有高草，只能走路前进。在 119 号道路的最上方有一间气象台，里面被水舰队占领，击败二楼的 boss 后，气象台所长会送你一只漂浮泡泡。
茵郁市：出气象台，过桥后会遇到对手，打倒她后会得到秘传机 02 飞天。继续前进来到茵郁市，训练馆门前有东西挡住，无法进去。在 120 号道路的桥上会再次遇到大吾，他告诉你透明的东西是变隐龙变的，并给你一瓶可令变隐龙显身的喷雾剂，击败或收服前面的变隐龙后，大吾将观测镜送给你，就可以去挑战道馆。馆主娜琪是飞行属性，建议去 114 号道路冲浪抓一只水跃鱼，练高一点用急冻光线来打。
水舰队与火岩队的秘密基地：继续前进，在 121 号道路会遇到火岩队的人，来到水静市后发现城市被水舰队占领。在上方的百货大楼门前会看到对手，打败他后，他就飞回家去了。得知火岩队大军压至落日山，回水静市打听消息后，飞往釜炎镇坐缆车上山，会有一阵地震，之后在山腰上会出现一个山洞，里面就是火岩队的秘密基地。在深处遇到火岩队首领，对话后要与他对战。
绿岭市：之后飞到凯那市，在上方的船厂里发现潜水艇被水舰队盗走。飞回水静市，往右穿过 124、125 号水路，来到绿岭市。挑战道馆，馆主是一对双胞胎，是超能属性，比较推荐用冲浪技能。在绿岭市右边的研究所里，打败被火岩队占领的研究所里的敌人。
9. 冠军之路与联盟挑战：
- 在 128 号水路使用登瀑即可抵达精灵联盟前面的冠军之路，在这里需要使用秘传机 03、04、05、06、07 才能过去。在冠军之路 1 层会遇到小光。
- 闯过冠军之路后就抵达精灵联盟，门卫验证你拥有所有徽章后即可为你打开胜利的道路，开始挑战四大天王和冠军。恶系天王花月，用格斗、虫系精灵克制；幽灵系天王芙蓉姐姐，推荐练一只鬼系精灵应对；冰系天王波妮，用火、格斗、钢、岩石系精灵克制；龙系天王源治，用龙、冰系精灵克制；联盟冠军比较难用属性克制，建议用等级压制。打败冠军后，你就成为了新一届的联盟冠军。
10. 二周目：
- 一周目通关后，出现在老家的楼上，下楼发现主角父亲来了，从父亲那里得到船票，可以在凯那市或水静市的游船上使用。之后电视播出新闻，说丰缘天空飞来了一只大鸟，根据你选择的颜色（红色是拉帝亚斯，蓝色则是拉帝欧斯），之后可在丰缘的地图上随机遇见该宝可梦。
- 再次乘船前往对战开拓区，这里有各种对战设施，如对战工厂、对战巨蛋、对战塔等，可以与其他训练师进行对战，获得相应的奖励和成就。
在游戏过程中，要注意合理培养精灵，根据对手的属性和弱点选择合适的精灵和技能进行战斗，多探索各个区域，收集道具和隐藏的精灵，以提升自己的实力。。
