《九阴真经》是金庸小说中最负盛名的武学秘籍之一，分为上、下两卷，上卷为内功基础，下卷为武功招式，它所含有的武功丰富多样，以下是其中一些主要的武功：
1、易筋锻骨章：有打坐修炼的静功，也有由外而内的动功，练成后在功力等方面会有较大进展，可起到易筋锻骨、强身健体的作用，郭靖在一灯大师指点下习得其中关键诀窍，实力大进，后世《倚天屠龙记》中的张无忌阅览该篇后，也承认只需苦练二三十年，便会有非同小可的成就。
2、疗伤章：主要用于疗伤，亦能用以增加功力，重点谈及内伤治疗方面，具有极其强大的疗伤功效，郭靖曾以此疗伤七日七夜，最终化险为夷。
3、摧心掌：掌力刚猛，中者五脏六腑皆会被震烂，但骨骼却不折断。《笑傲江湖》中青城派余沧海的“摧心掌”与此类似，但不知二者是否有关联。
4、九阴白骨爪（摧坚神抓）：原本是正派武学，因梅超风、陈玄风二人误解真经含义，将“摧敌首脑”错解为攻击敌人脑部，遂使得这门绝技变为阴险毒辣的九阴白骨爪，后来经黄药师修改，藏入倚天剑中，被峨眉掌门周芷若所学。
5、大伏魔拳：拳法刚阳之气重，与少林拳法颇为相似，威力强悍，与《九阴真经》讲究阴柔之道的风格不同，这一点颇为奇怪，百花谷中周伯通与杨过交手时，曾使用过这门绝技。
6、手挥五弦：伸五指在对方手肘轻轻一拂，可使对方手臂微酸，全身消劲，从武学特点上看，应属于“点穴”武功，与桃花岛“兰花拂穴手”颇为相似，不过在小说中实战作用不大，极少出现。
7、飞絮劲：可将对手强劲的攻击力化为无形，属于一种卸力的巧劲，射雕英雄传》中郭靖曾以“飞絮劲”化解欧阳锋的一招。
8、蛇行狸翻：即便在地上翻滚，动作也是灵动异常。《射雕英雄传》中周伯通曾以此招躲避黄药师的追击，也可当作一门身法看待，周伯通曾以此身法消解黄药师掌力，但因黄药师武功太强，周伯通未能将其掌力尽数卸去。
9、移魂大法：属于摄心术，可对付武功高强但心志不坚的对手，有催眠作用，练到最高境界据说可以让对手全心全意听从自己的安排。
10、总纲：以梵文译音写成，精奥无比，更正了道家武学偏重阴柔的流弊，与《九阳真经》为阴阳互济之道，修习成功可达到武学最高境界，郭靖得一灯大师指导翻译后，几乎悟出全部内容。
11、点穴篇：只述及点穴方面的要旨，未见有详细的招式，在武侠世界中，点穴手法高深莫测，如小龙女当年就曾被欧阳锋以《九阴真经》的点穴手法点中穴位。
12、解穴秘诀：在被人点中穴道或穴道闭塞时，可用其中方法打通，即自通穴道的法门，可使被点的穴道自通，让真气运行顺畅，不受对手所制。
13、闭气秘诀：能使人长期闭气，不需呼吸，类似“龟息功”，杨过、小龙女曾凭借此功走水路离开古墓。
14、收筋缩骨法：练到最上乘时，能使全身筋骨缩成一团，犹如刺猬般，遇敌时可蜷缩起来保护自己。《倚天屠龙记》中张无忌穿越昆仑山洞时，曾使用过这门绝技，可见《九阳真经》中也可能延续了《九阴真经》中的这一法门。
15、白蟒鞭法：使用极长的白蟒鞭，如灵蛇出洞，伸缩自如，灵动异常，在《倚天屠龙记》中周芷若曾在屠狮大会上使用过这门绝技。
《九阴真经》所载武学不仅是高深的内功心法，更包含了丰富多样、威力强大的武功招式，是天下武学的总纲，也有许多江湖之人因争夺或修炼它而葬送性命，它在江湖中带来了诸多成就与斗争，具有邪恶与正义的两重性。
